사회과학연구소는 1976년 4월 24일 설립하여, 다음해 2월 28일 대통령령 제 8460호로 설치 인가를 받았다. 연구소 공간은 관악 캠퍼스 7동 315호에 마련되었고, 연구소 조직은 소장, 부소장, 그리고 그 아래에 연구부, 자료도서실 및 행정실로 구성되었다. 초대 연구소 소장은 사회학과 이해영 교수께서 부소장은 정치학과 이홍구 교수가 각각 맡았다.

설립초기 연구소가 지향한 목적은 ‘사회과학 제 부문간의 유기적 연계 및 유기적 협동을 통하여 주요 국내외 문제에 관한 종합적인 연구’를 선도하는 것이었다. 이를 위해 추진한 연구활동으로는 “복지사회 건설을 위한 사회과학적 작업”이라는 협동연구와 러시아, 중국을 비롯한 지역연구를 위한 기초작업을 진행하였다.

1977년 연구소가 발간하고자 기획한 학술지로는 [사회과학연구총서], [사회과학연구회보], 그리고 [사회과학연구소 요람] 등이 있다.

1980년대 중반 이후, 김경동 사회학과 교수, 김세원 경제학부 교수, 그리고 최명 정치학과 교수께서 각각 연구소 책임을 맡으시면서 기존의 연구 주제를 튼실히 다지는 동시에 ‘정보화 시대의 인간과 사회’와 ‘제3세계 지역연구’와 같은 새로운 연구주제에도 관심을 확장하였다.

주요 연구업적으로는 “한국과 동남아 제국의 지방정치 및 지역사회 개발 비교연구”, “한국과 아프리카 지역 간의 협력 증진 방안에 관한 연구”, “한국의 발전과 종속에 관한 국제비교연구”, “정보화 시대의 인간과 사회에 관한 연구”, 그리고 “국민생활과 대외관계에 관한 의식조사연구” 등이 있다.

1980년대 사회과학연구소의 성장기를 대표할 만한 연구업적은 바로 1989년 12월 에 발간된 [사회조사 10년 1979-1988] (최명, 권태환, 홍두승 편)이다. 이 책의 의의를 밝힌 머리말 일부를 소개하고자 한다. "서울대학교 사회과학연구소는 1976년 서울대학교 부설 학술연구 기관으로 설립된 이후 지난 10여 년간 연구, 발간, 학술회의 등 여러 가지 활동을 하여 왔다.
그 중에서도 특히 조사연구는 학문적 연구의 수행과 정책의 수립에 필요한 기초자료를 제공한다는 점에서 중요한 일이라고 할 수 있다. 우리 연구소도 그 동안 조사연구를 많이 수행하여 왔고, 그 결과 많은 자료들이 축적되었다. 그런데, 조사연구의 결과들이 체계적으로 정리되지 않아서, 자료를 이용하고자 하는 사람들에게 편의를 제공하지 못하였었다. 이런 뜻에서 연구소가 10년 동안 수행한 조사연구를 통해 수집한 자료들을 모아서 한 권의 책으로 펴내기로 하였다. 우리는 이 자료집 발간을 계기로 다른 연구기관에서도 동일한 작업을 수행하여 우리사회에 대한 모든 자료를 함께 이용할 수 있게 되기를 기대한다.”

연구소의 학술지 발간사업으로 사회과학연구보고 2종, 한국연구 시리즈 (영문단행본) 6종, 국제문제연구 시리즈 (영문 단행본) 5종, [사회과학과 정책연구] 정기간행물 통권 18호, 사회과학 총서 (국문 단행본) 5종, 그리고 세미나 보고서 (영문) 8종 등이 있다. 동시에 연구소는 ‘농석기념강좌’를 비롯하여 본 연구소 연구활동과 관련된 세미나를 수시로 개최하였다.

21세기를 목전에 두고 세계화와 지방화, 민주화와 다원화 그리고 통일 한국 시대를 맞이하여 사회과학의 진로에 대한 진지한 모색의 필요성이 대두되었고, 그 결과 서울대학교 사회과학연구원(The Center for Social Sciences)이 출발하게 되었다. 사회과학연구원은 한국 사회 각 영역에 대한 사회과학 연구를 촉진하고 분과 학문 간의 유기적이고 학제적인 연구를 수행하기 위해 1997년 3월 1일 발족하였다. 사회과학연구원은 기존의 사회과학연구소를 모체로, 사회과학대학 부설 세계경제연구소, 사회발전연구소, 비교문화연구소 및 사회복지연구소를 통합하여 설립되었다. 1999년에 한국정치연구소와 국토문제연구소가 본 연구원에 통합되었고, 이후 2001년에 사회발전연구소와 국토문제연구소가 다시 독립연구소로 분리되었으며, 2004년 7월 중국연구소가 새롭게 설립되면서 본 연구원 산하에 통합되었다.

본 연구원의 발족은 기존의 사회과학연구소와 네 개의 연구소가 수행하던 연구기능을 체계적으로 통합함으로써 사회과학에 대한 폭넓은 수요를 충족할 수 있는 전기를 마련하였다. 이를 계기로 본 연구원의 전신인 사회과학연구소의 설립목적에 부합하는 ‘학문간의 유기적 연계에 기초한 학제적 연구의 심화’를 확실하게 이룰 수 있게 되었다. 더 나아가 풍부한 전문연구 인력의 활용을 통해 장기 연구 및 대규모 기획연구를 추진할 수 있으며, 사회과학 연구와 관련된 자료의 수집과 서비스 제공, 체계적인 출판사업, 국내외 유관 연구소와 기관 사이의 풍성한 교류를 통한 연구자 개인은 물론 조직간 네트워크를 구축할 수 있게 되었다. 이를 토대로 한 국제학술 교류확대를 통해 한국 사회과학 연구의 수준을 고양하며 더 나아가 한국적 사회과학의 정체성을 확립하는데도 기여할 수 있게 되었다.